Ciencia

6 diciembre, 2018 en

Analizan ADN de hongos con técnicas bioinformáticas usadas en el estudio del hombre de hielo tirolés

+El Dr. Sigisfredo Garnica en colaboración con científicos alemanes publican investigación de metabarcoding de comunidades de hongos usando técnicas bioinformáticas aplicadas a bacterias

Fotografía: Tomada desde el sitio de muestreo en el Monte Iseler (1876 m de altura) ubicada en los Alpes Baváricos en Alemania.

Con el objetivo de investigar si la diversidad y composición de las comunidades de hongos varían o no con altura y/o edad de la planta, un grupo de investigadores, entre los que destaca el micólogo Dr. Sigisfredo Garnica, realizaron un estudio en el Monte Iseler (1876 m de altura) ubicado en los Alpes Baváricos (Alemania).

La investigación del Dr. Garnica y los colegas alemanes analizó -justamente- la diversidad y composición de los hongos en raíces del abeto europeo o noruega a lo largo de un gradiente altitudinal en los Alpes Baváricos.

Fue así, que en el pasado otoño se colectaron muestras de raíces de plantas de dos edades en tres alturas diferentes; las cuales fueron sometidas a secuenciación del abeto europeo o noruega (Picea abies) para la detección de hongos, lo cual resultó ser una valiosa herramienta para estudios de biodiversidad, especialmente en el análisis de las comunidades de microorganismos.

En detalle, la publicación especifica que la detección de los hongos se realizó con ayuda de método de PCR y para su secuenciación se usó la plataforma de Illumina (MiSeq) con un protocolo Nextera Amplicon Tagment Mix.

Garnica puntualiza que usaron herramientas bioinformáticas que hasta ahora han sido aplicadas para reconstrucción metagenómica del ADN de bacterias en el hombre de hielo tirolés (5.300 años) y que estas resultaron altamente eficaces en el análisis de secuencias de ADN en hongos.

Los autores concluyen que la metodología aplicada permitió capturar una diversidad de hongos que no es posible obtener a través de métodos clásicos (por ejemplo, desde cuerpos fructíferos). Además, ellos concluyen que la altura tuvo un efecto sobre la composición y que la edad del árbol tuvo un efecto significativo sobre la diversidad –justamente- de los hongos. Si bien la metodología usada fue eficiente en estudiar las comunidades de hongos, la carencia de “secuencias tipos” en las bases de datos dificulta aun la identificación de muchas especies.

 

Publicación:

Schön ME, Nieselt K, Garnica S (2018) Belowground fungal community diversity and composition associated with Norway spruce along an altitudinal gradient. PLoS ONE 13(12): e0208493.

Contacto:

Prof. Dr. Sigisfredo Garnica

Universidad Austral de Chile

Facultad de Ciencias

Instituto de Bioquímica y Microbiología

Teléfono: +56 63 293849

sigisfredo.garnica@uach.cl